Independiente fue siempre un duro escollo para Boca y lo tuvo a maltraer en varias décadas. Muchas de las victorias a la postre significaron campeonatos para el Diablo y hasta logró su primera Supercopa contra los de la Ribera.

En 1940 Independiente logró la victoria más abultada ante Boca al superarlo por 7-1, siendo la máxima goleada recibida por el rival. El Rojo que era Bicampeón vigente del fútbol argentino, culminó un lustro dorado ante el Xeneize. Le ganaba por octava vez seguida en la historia, récord imbatido, y se lucían Erico, Sastre con dobletes, además de las conquistas de Leguizamón, Martínez e Ibáñez en contra. El Rojo formó ese día con Fernando Bello; Fermín Lecea, Sabino Coletta; Luís Franzolini, Raúl Leguizamón, Celestino Martínez; Juan Maril, Vicente De la Mata, Arsenio Erico, Antonio Sastre, Juan José Zorrilla. En esos ocho encuentros Independiente hizo 28 goles y solamente recibió cuatro. De yapa, Boca sufría la peor goleada de su vida.

En 1948 Independiente no era el puntero y en una de las fechas finales antes que se produzca la famosa huelga de profesionales tuvo que visitar La Bombonera. El equipo que dirigía Blas Fernando Bello ganó por 2-1 con tantos de Camilo Cervino y poco tiempo después se clasificó campeón. En la década del 50 Independiente no sumó ninguna estrella. Sin embargo el Rojo le ganó otros cinco partidos consecutivos a Boca, marcándole tres goles en cada encuentro y recibiendo sólo cuatro.

En 1960 Independiente logró la ventaja más profunda en el historial con Boca: 14 partidos. Ese año también logró la Liga, y por supuesto le ganó los 2 partidos al Xeneize. Walter Jiménez anotó en los dos estadios, en tanto Vladas Douksas completó el 2-0 en el Cilindro. El Rojo fue campeón jugando los últimos 12 partidos de ese torneo en el estadio vecino. En la primera parte de los años 60 la lucha entre Independiente y Boca fue un clásico en el orden local e internacional. Se repartieron títulos de Liga y trasladaron sus duelos al plano de la Copa Libertadores. Boca llegaba como campeón doméstico, pero el Rojo como campeón internacional. Las Semifinales de 1965 fueron un hito. Los partidos se jugaron en River y al cabo de 300 minutos (tres partidos más alargue) el Rojo accedió a la final de la Libertadores que luego obtendría ante Peñarol. Los debuts de Pavoni y Avallay, el penal atajado por Santoro al Beto Menéndez y los goles de Mura y Mario Rodríguez son postales inolvidables de este duelo. Los próximos títulos locales de Independiente ocurrieron en el Nacional 1967 y en el Metropolitano 1970. Artime y Mura al principio, Bernao y Yazalde después dejaron su sello en sendos 3-2 en Avellaneda, partidos que fueron claves para la inmediata obtención del título.

Y al entrar de lleno a los 70 es imposible no mencionar esa seguidilla increíble de seis victorias en siete duelos ante Boca. Con Cap, con Dellacha, con Ferreiro, con Maschio u otra vez con Pipo, el Rojo siempre fue el ganador. En esa seguidilla. Santoro se lució atajándole penales tanto a Mané Ponce como al Chapa Suñé. Hasta Patota Potente se intimidó y desvió el suyo. Y un dato increíble es el goleador del Rojo para estos duelos: el Chivo Pavoni le anotó cuatro tantos a Boca.

En 1980 ambos equipos vivieron una época de transición tras haber logrado la conquista de América. La caída de Boca fue tan abrupta que medió entre el Concurso Preventivo y la Quiebra. El Rojo, que se preparaba para una nueva conquista en pocos años dejó su sello en el Metropolitano tras golearlo e ingresar al selecto grupo de equipos que le hicieron cinco goles a Boca en la Bombonera, record que luego San Martín de Tucumán dejaría sin efecto. El inolvidable 5-2 con Pepé Santoro de entrenador fue un bingo perfecto que formaron Bartolo Alvarez, Mazo, Magallanes, Alzamendi y Larrosa.

En la temporada 1986/1987, el Rojo enfrentó cuatro veces al Xeneize. Se mantuvo invicto con tres victorias y le marcó 14 veces. En la Bombonera fueron cinco en total, con el agregado de dos triunfos históricos con inolvidables actuaciones de Bochini. Con tres gritos de defensores (Luli Ríos y doblete de Ingrao), Independiente lo venció por 5-2. En la revancha jugaron un partido decisivo en la penúltima fecha con la disputa del título en el medio ante Rosario Central. Bochini abrió la cuenta, Marangoni hizo de las suyas y Mandinga Percudani cerró un triunfo impactante, desnudando a Boca a tal punto que Hrabina terminó en el arco por la expulsión de Gatti. El Xeneize tuvo revancha inmediata y se fue feliz de la Doble Visera con el empate 2-2 y la supuesta ventaja de la localía en las finales por un lugar en la Copa Libertadores. El partido estaba 1-1 y apareció la puntita del botín de Bochini, tras una gran jugada colectiva, para superar a Gatti . Fue 2-1 y clasificación.

Un par de años después los protagonistas se reencontraron en el mismo lugar, pero con el Pato Pastoriza ubicado en el otro banco de suplentes. Boca era el puntero y el Rojo lo seguía a tres puntos en el primer campeonato argentino cuyo ganador de partido sumaba de a 3 unidades. El Rojo le había ganado en la primera rueda por 2-1 con otro gol del Bocha y para reafirmar su paternidad, Bochini volvió a convertirle, esta vez a Navarro Montoya para otro 2-1. El partido fue bisagra. El Rojo se encaminó hacia el título con el Indio Solari como DT.

Entre agosto de 1994 y abril de 1995 el equipo de Miguel Brindisi logró 3 títulos para el Club. Fue un hecho histórico con muchísimos jugadores de la cantera del club y se logró hasta un reconocimiento internacional. Pascualito Rambert ante Boca por la Supercopa mostró su avioncito a todo el continente y el Rojo una vez más, festejó contra el Xeneiza. En el Apertura 1996, nuevamente en Brandsen 805, Boca recibía a Independiente con el plus que se medían por primera y única vez en la historia los dos entrenadores que tenían la credencial de ser Campeones del Mundo. De escuelas diametralmente opuestas, el Independiente de Menotti le ganó como visitante al Bilardo de Boca con un gol de Panchito Guerrero en una jugada preparada. Después, por el Clausura 1999, el Rojo goleó 4-0 a Boca que a minutos de comenzar ya era bicampeón con Carlos Bianchi. Un Calderón tremendo haciendo tres goles, hasta uno desde la media cancha, y el restante Cambiasso le dieron marco a una exhibición roja que además le cortó un invicto de 40 partidos al rival. Un año y medio más tarde, por el Apertura 2000, Boca venía ser Campeón del Mundo frente a Real Madrid, y el CAI  lo recibió con todos lo honores. Fue 3-0 con doblete de Forlán y Guerrero decoró el resultado.

En el apertura 2004 con Daniel Bertoni como DT luego de la muerte del entrañable Pastoriza, Independiente se dio un gustazo de ganarle a Boca. A los cinco minutos Baldassi echó a Jairo Castillo. el visitante se puso arriba, pero un formidable Pocho Insúa dio vuelta la historia. Dos goles, uno de penal, para dar una muestra de coraje y fútbol ante el reinante Campeón del Mundo. Fue el último triunfo en Avellaneda, porque luego hay que remitirse al 2-0 (dos del Rolfi Montenegro) en cancha de Huracán en uno de los últimos partidos de Pepé Santoro como DT en el Clausura 2009. Para cerrar, todavía muchos se acuerdan del 5-4 sobre la hora cuando Ernesto Farías se la picó a Orión y calló a La Bombonera.

Que los duendes de todos estos grandes triunfos ante Boca bajen al Libertadores de América y que alguno se repita.